安全标准化建设在企业已经实行多年，但在落地实施的过程中还存在不少问题，比如“两张皮”现象、没有全员参与等。
有的企业老板只关心能不能发证，不关心标准化的实际运行效果。企业要想做好标准化工作，最主要的是落实企业的安全生产主体责任。如果企业领导不重视，只是交给安全部门去做，就很难做好。一是安全部门不可能调动企业所有的资源，二是安全部门只是一个职能部门，没有那么强的领导力和感召力。
安全生产标准化不仅仅是安全部门的事，而是全公司、全员的事情，只有每个人都参与，才有可能做好。但部分企业的管理人员和员工难以理解创建安全标准化企业对于企业安全生产工作的重要意义，把它当做一项摊派任务来对待，工作中存有抵触情绪，敷衍应付。检查来了就抓一抓，检查走了，该啥样还啥样，使标准化工作落不到实处，流于形式。甚至有的企业只是找一套模板，填写一下表格，或者找第三方中介结构帮忙整理一套资料，安全部门照着填填应付评审和检查，根本不会对企业的安全生产起到促进作用，但是人力、物力、财力也没少投入。
企业通过安全标准化专家组评审，取得证书后，日常管理停止不前，停留在说一套，做一套。所有的工作都是安全部门在负责，车间、班组对标准化实施情况不了解，这样在运行过程中也不会发现什么问题，更不用说PDCA持续循环改进。企业在运行过程中执行标准不严格，在执行、培训、检查、考核等环节中都存在执行走样的现象，安全生产标准化得不到常态实施，无法长时间维持。
运行安全生产标准化体系涉及的事项多而杂，企业必须要有体系人才储备。但在实际运行中，一些企业只是简单地抽调人员、成立机构，而没有配备熟悉体系要素要求，具有一定安全理论、实践与现场安全管理经验的人实施，导致实际管理执行不到位。譬如相关管理人员对落实危险化学品的安全生产管理认识不足，不能把管理制度落实到实际的生产、使用环节中；企业对危险化学品的安全管理标准不明确，甚至存在多个管理标准并存的现象，从而造成管理混乱，给相关工作人员带来负担。
危险化学品的风险分析涉及的事物多、范围广，相关分析人员，分析过程中容易忽略外来因素的影响，导致相关因素的管理与控制不到位。譬如，相关企业对安全生产标准化的信息获取不及时，风险检测不规律，相关事项的方向信息更新不及时。相关工作人员对于危险化学品的风险分析结果不重视，使其教育意义流于形式。
